הזנחת תחזוקת מערכת המיזוג תגרור ירידה מתמדת בביצועי המערכת, בזמן שעלות צריכת האנרגיה עולה.
שמירת מערכת המיזוג מתוחזקת כהלכה תוריד את עלויות איבוד האנרגיה והתיקונים ותאריך את תוחלת חיי המערכת. חלק מעבודת האחזקה מבוצעות ע"י בעל מקצוע, אך חלקן יבוצעו ע"י הלקוח.
מסנן האוויר
עבודת התחזוקה החשובה ביותר אשר תבטיח יעילות המערכת היא ניקוי והחלפת המסנן בצורה שגרתית. מסנן אוויר סתום מונע זרימת אוויר תקינה וכך מוריד את יעילות המערכת בצורה משמעותית. אוויר, אשר למרות המסנן הסתום, יגיע לסוללה, יביא עמו אבק אשר יצטבר ע"ג הסוללה ובכך ייגרע במעבר החום שבין האוויר לסוללה.
המסנן נימצא, במערכות מפוצלות, ביחידת הפנים, וביחידות המתועלות, בד"כ וכך צריך להיות, בתריס האוויר החוזר או ע"ג היחידה הפנימית.
ישנם מסננים הניתנים לשטיפה וישנם הדורשים החלפה. תדירות ניקוי / החלפת המסנן משתנה בהתאם לכמות האבק באוויר וכמות שעות עבודת המערכת. בד"כ ניקוי בתדירות של פעם בעונה יספק.
יחידה חיצונית
יש להקפיד על הסרת מכשולים מלפני מפוח היחידה (כעלים ולכלוך מצטבר) וכן מאחוריה (כצינורות מפותלים וחפתים שונים).
